a historia pasa en el Japón de hace 500 años, en plena era Sengoku en el siglo XVI. El personaje principal femenino es una chica llamada Kagome Higurashi (en el doblaje al español latinoaméricano en México y en Chile se le cambió su nombre a Aome por obvias razones) que, mientras buscaba a su gato Buyo, es atrapada por un monstruo-ciempiés cuyo espíritu estaba sellado dentro del Pozo Devorahuesos (llamado así porque tiraban antiguamente en él los huesos y éstos desaparecían en poco tiempo), que se encuentra en su casa (un antiguo templo), en la época actual y es transportada en el tiempo al Japón feudal (Sengoku). Una época donde lo mágico es común y los demonios conviven con los humanos. Kagome pierde a manos del monstruo ciempiés la "Joya de las Cuatro Almas" (Esfera de los Cuatro Espíritus en España y Perla de Shikon en Latinoamérica). Esta joya, que inicialmente se encontraba oculta dentro del cuerpo de Kagome, es la razón por la cual la jóven fue llevada al mundo feudal. Dicha joya posee la peculiaridad de incrementar los poderes de hombres y monstruos para el bien o para el mal. La perla fácilmente se contamina, comunmente al derramarse sangre ya sea por guerra o traición y es muy díficil purificarla, para lo cual Kikyō tenía una extraña habilidad (motivo por el cual era ella su guardián) habilidad que Kagome heredó por ser su reencarnación. Para salvar su vida, Kagome libera a Inuyasha, el personaje principal y titular de la serie, quien termina derrotando a su adversario. Pero Inuyasha desea la joya también, y Kagome es salvada por Kaede, la hermana menor de Kikyō. Kaede le coloca un collar mágico a Inuyasha para dominarlo empleando una palabra, dada por Kagome: "Osuwari" (significa "siéntate" y sólo se usa con perros, pero fue simplemente traducida al español latino como "abajo"; en el doblaje editado en España si dicen "siéntate") y en catalan dicen "seu gosset" (sientate perrito). Kagome es la única que puede controlar ese collar, a su gusto.
Conforme se desarrolla la historia, descubrimos que Kagome resulta ser la reencarnación de Kikyō una jóven sacerdotisa muy poderosa, la cual selló al peligroso hanyō (medio-demonio) Inuyasha en un árbol mágico, empleando una de sus flechas sagradas 50 años antes (en el pasado).
Poco después de encontrar la "Shikon no Tama", la vuelven a perder cuando Kagome al intentar recuperarla lanza una flecha "teledirigida" (ató la pata del demonio-cuervo que había robado la perla a la flecha para que, cuando ésta se uniera a su dueño la flecha le diera de lleno) que rompe la joya en numerosos pedazos que se dispersan por todos lados (muchas veces se habla de mil pedazos). La serie cuenta las peripecias de Kagome e Inuyasha para encontrar los fragmentos de la joya y su carrera para recuperar los fragmentos antes que el poderoso demonio Naraku, quien también está tras ellos. Naraku es el principal enemigo de Inuyasha, al que éste le tiene especial odio por haber provocado la muerte de Kikyo y el fuerte rencor entre Kikyō e Inuyasha, que antes de intentar matarse el uno al otro se amaban profundamente, al extremo de que Inuyasha usaría el poder de la Perla (a manos de Kikyō) para volverse humano, y asi acabar con los poderes malignos de la Perla para siempre.
A lo largo de la historia, Kagome e Inuyasha empiezan a presentar sentimientos profundos entre ellos. Pero como se sabe Kikyō había estado enamorada de InuYasha en épocas de la antigüedad, e Inuyasha de ella. Los sentimientos de InuYasha hacia Kikyō se interponen entre él y Kagome, ya que no logra olvidarla. Sin importarle eso a Kagome, ella lo sigue incondicionalmente, dándole su amor, ayuda y todo su corazón, y unos tantos regaños por sus celos o mal humor de éste. Kikyō ya había muerto por culpa de Naraku. Pero volvió a este mundo con un cuerpo hecho de barro y el polvo de sus huesos además de algunas almas que le fueron robadas a Kagome por la bruja Urasue, se mantiene en pie alimentándose de almas de mujeres muertas que han sufrido tanto como ella, mientras trata de vengar su muerte por quien piensa que fue Inuyasha, aunque en realidad no fue él, sino Naraku haciéndose pasar con la figura de Inuyasha. Naraku es un poderoso demonio que resultó de la congregación de multitud de espíritus malignos que acudieron a su lecho de muerte con la intención de devorar su alma maldita; en vida fue un bandido dedicado a las fechorías y que tras un accidente sufrió graves quemaduras en todo el cuerpo, ademas de múltiples fracturas que le impedían moverse. Naraku, de nombre mortal Onigumo, estuvo bajo los cuidados de la piadosa Kikyo de la cual se enamoró obsesivamente. Una vez harto de su situacion se le ofreció a un centenar de espíritus atraídos por la maligna esencia de su alma y todavía deseando a Kikyo provocó la muerte de ésta y el sellado de Inuyasha por más de 50 años. Kikyo pidió que fueran quemados sus restos con la Perla para así eliminarla de este mundo.
Otro cambio que podemos notar, es la aparición de Koga en la serie. Koga (un youkai lobo) que al ver a Kagome, se enamora profundamente, haciendo a Inuyasha sentir celos extremos a la sola aparción de Koga. Kagome siempre fue muy amable con él, pero este siempre le insinuaba que se alejase de Inuyasha y se fuese a vivir a la tribu de los lobos, convirtiéndose ella en la esposa de Koga. Sin dudas la enemistad de Inuyasha y Koga se basa en quién tiene el corazón de Kagome, una parte de la vida de Inuyasha es jurarle a Kagome que la protegería, siendo así un dato importante en la historia de amor de nuestra protagonista Kagome.
A medida que pasan los capítulos, la historia evoluciona, mostrando cómo la maldad de Naraku no sólo afectó a los protagonistas sino también a muchos otros personajes secundarios que aparecen a lo largo de la trama. Tal es el ejemplo del Monje Miroku, un monje de muchos poderes y una debilidad hacia las mujeres bonitas, su abuelo fue maldecido por Naraku que tomó la forma de una bella mujer para seducir al igual de mujeriego abuelo de Miroku, haciéndole un agujero en la mano; ese agujero cuando no está sellado por el collar de perlas traga todo lo que tiene frente a sí, y con el tiempo se hace mas fuerte hasta absorber al monje en si. De esa manera murieron el abuelo y el padre de Miroku y ahora este debe matar a Naraku para evitar que su muerte sea de la misma manera.
Entre otros de los personajes afectados por Naraku se encuentra Sango, una bella jovencita nacida y criada en la aldea de exterminadores de monstruos, misma aldea donde se creó la Perla de Shikon; Sango hija del general de esa aldea junto con su hermano Kogaku, acuden al llamado de una aldea vecina donde se veían amenazados por el ataque de una monstruosa araña gigante, tras derrotarla Kogaku fue poseído por el verdadero espiritu culpable de estos hechos y mató a su propio padre y al resto de los mejores exterminadores de la aldea, tambien logró lastimar a Sango antes de que el Terrateniente de esa aldea mandara a matarlos a ambos, ya que estaba poseido por el espiritu de la araña; todo esto era una trampa de Naraku que hacía creer a todos que era el hijo del terrateniente, al matarlo con el pretexto de que estaba poseído mandó a dar sepultura a los cadáveres, sin percatarse de que Sango seguía viva, al darse cuenta le prestó ayuda sólo con la intención de hacerla creer que Inuyasha había atacado la aldea de los exterminadores (que había quedado indefensa), mientras el verdadero culpable habia sido él, que habia llevado un centenar de monstruos hasta allí. Cuando Sango descubre la verdad se vuelve aliada de Inuyasha, Kagome, el Monje Miroku y Shippo, en la búsqueda de Naraku para exterminarlo. Numerosos complots y engaños nos muestran que la mente de este villano termina siendo mucho más compleja que la de cualquier otro enemigo antes visto por nuestros héroes, por lo que deben esforzarse al máximo para lograr su cometido y retornar la paz a sus vidas.
